Lo que convierte al FK Makedonija Đorče Petrov en una parada imprescindible para cualquier ojeador en los Balcanes es su excepcional cantera. El club apuesta estratégicamente por la formación de jóvenes y cuenta con uno de los centros de entrenamiento para niños mejor organizados del país. La filosofía del club es clara: incorporar cuanto antes a los jóvenes con más talento al primer equipo, donde se curten rápidamente en el exigente fútbol de primera división.

Muchos grandes nombres del fútbol macedonio han pasado por la cantera y el primer equipo de este club, y el ejemplo más destacado de la historia reciente es el de Elif Elmas, jugador de la selección nacional, quien pasó parte de su etapa juvenil y de su formación futbolística en el sistema de este club, antes de dar el salto al Rabotnički, el Fenerbahçe y el Nápoles para alcanzar la cima del fútbol europeo.