Ce qui fait du FK Makedonija Đorče Petrov une étape incontournable pour tout recruteur dans les Balkans, c'est son centre de formation exceptionnel. Le club mise stratégiquement sur la formation des jeunes et dispose de l'un des centres d'entraînement pour enfants les mieux organisés du pays. La philosophie du club est claire : intégrer rapidement les jeunes les plus talentueux dans l'équipe première, où ils acquièrent rapidement de l'expérience grâce à un football de haut niveau exigeant.

De nombreux grands noms du football macédonien sont issus du centre de formation et de l'équipe première de ce club, et l'exemple le plus marquant de ces dernières années est celui d'Elif Elmas, joueur de l'équipe nationale et international, qui a passé une partie de sa jeunesse et de sa formation footballistique au sein du système de ce club, avant de poursuivre son parcours via Rabotnički, Fenerbahçe et Naples pour atteindre les sommets du football européen.