FK Makedonija Đorče Petrov'u Balkanlar'daki her yetenek avcısının mutlaka uğraması gereken bir adres yapan şey, kulübün olağanüstü gençlik akademisidir. Kulüp, stratejik olarak gençlerin gelişimine ağırlık veriyor ve ülkedeki en iyi organize edilmiş çocuk antrenman merkezlerinden birine sahip. Kulübün felsefesi açık: en yetenekli gençleri erken yaşta A takım kadrosuna dahil etmek ve zorlu üst düzey futbol ortamında hızla olgunlaşmalarını sağlamak.

Makedonya futbolunun pek çok büyük ismi bu kulübün altyapısından ve A takımından yetişmiştir; yakın tarihin en öne çıkan örneği ise, gençlik yıllarının bir kısmını ve futbol eğitimini bu kulübün sisteminde geçirip daha sonra Rabotnički, Fenerbahçe ve Napoli'den geçerek Avrupa futbolunun zirvesine ulaşmıştır.