Partizan futbol kulübü 4 Ekim 1945 tarihinde kuruldu. İlk yıllarında kulüp, maçlarını ünlü savaş öncesi BSK'nın eski sahası olan „20 Ekim“ Stadyumu'nda oynadı. Aynı yerde, 1949 yılında o dönemde Avrupa'nın en modern stadyumlarından biri olarak kabul edilen muhteşem JNA Stadyumu inşa edildi. Partizan, tam da bu stadyumda 27 ulusal lig şampiyonluğu kazandı: 1947, 1949, 1961, 1962, 1963, 1965, 1976, 1978, 1983, 1986, 1987, 1993, 1994, 1996, 1997, 1999, 2002, 2003, 2005, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2015 ve 2017) kazandı.

Kulüp ayrıca ulusal kupayı 16 kez kazandı: 1947, 1952, 1954, 1957, 1989, 1992, 1994, 1998, 2001, 2008, 2009, 2011, 2016, 2017, 2018 ve 2019.

Uluslararası arenada Partizan önemli başarılara imza attı: 1966'da Avrupa Şampiyonlar Kupası'nda finale yükselerek Avrupa ikincisi olurken, 1978'de prestijli Mitropa Kupası'nı (Orta Avrupa Kupası) kazandı.