Le club de football du Partizan a été fondé le 4 octobre 1945. À ses débuts, le club disputait ses matchs au stade „ 20 octobre “, l'ancien terrain du célèbre BSK d'avant-guerre. Sur ce même site, le magnifique stade JNA a été construit en 1949, considéré à l'époque comme l'un des plus modernes d'Europe. C'est dans ce stade même que le Partizan a remporté 27 titres de champion national : en 1947, 1949, 1961, 1962, 1963, 1965, 1976, 1978, 1983, 1986, 1987, 1993, 1994, 1996, 1997, 1999, 2002, 2003, 2005, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2015 et 2017.

Le club a également remporté la coupe nationale à 16 reprises : en 1947, 1952, 1954, 1957, 1989, 1992, 1994, 1998, 2001, 2008, 2009, 2011, 2016, 2017, 2018 et 2019.

Sur la scène internationale, le Partizan a remporté des succès notables : en 1966, le club a atteint la finale de la Coupe des clubs champions européens et a terminé deuxième du continent, tandis qu'en 1978, il a remporté la prestigieuse Coupe Mitropa (Coupe d'Europe centrale).